Unityではキーボード、マウス、ゲームパッド諸々の入力設定は、
プロジェクト名\ProjectSettings
のフォルダにあるInputManager.assetに記録される。プロジェクトを新規作成するごとに設定するのが面倒な場合は過去のファイルと差し替えることで設定を引き継ぐことができる。
加えてスクリプトもテンプレート化するか、または汎用性の高い作りにすると更に作業を効率化できるはず。自分の場合、毎回プロジェクトを新しく作成するごとに似たようなスクリプトを一から作り直しているような気がする。